平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里配音）与好友月村铃鹿（清水爱配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用RisingHeart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快JewelSeed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈配音）突然出现，与奈叶展开激战。她们之间的夙缘由此展开……
